Поликлиника больницы обслуживает 50 тысяч прикрепленного населения, в стационаре ежегодно получают лечение более 12 тысяч пациентов, в штате 775 человек. При этом 75 % персонала отработали в учреждении более десяти лет.

«Четвертый год подряд наша больница круглосуточно дежурит по «скорой», и через каждые двое суток мы принимает пациентов со всего города. За это время врачи 3-й горбольницы приняли 15 573 пациента, нуждающихся в экстренной медицинской помощи», — сообщил главный врач медучреждения Андрей Кошель.

Отделения больницы являются клиническими базами семи кафедр Сибирского государственного медицинского университета и Томского базового медицинского колледжа. Хирургическое отделение томской горбольницы № 3 первым в России стало применять криохирургические операции на печени и поджелудочной железе. Больница практикует навигационную хирургию (под контролем УЗИ), эндоскопические операции, малоинвазивные вмешательства, проводит «штучные» реконструктивные операции гортани, слухосохраняющие и слухоулучшающие операции.

В 2017 году городская больница № 3 им. Б.И. Альперовича одной из первых вошла в проект «Бережливая поликлиника».